Institué par la loi de finances pour 2012 à l'initiative du gouvernement Fillon, le jour de carence dans la fonction publique est abrogé à partir du 1er janvier 2014 par l'article 126 de la loi de finances pour 2014.

Cet article supprime le jour de carence pendant lequel les agents publics en arrêt de travail pour maladie ne perçoivent pas leur traitement. En contrepartie, il renforce l'obligation de transmission de ces arrêts de travail dans un délai de 48 heures, dont le non respect n'entraînait jusqu'alors aucune retenue sur salaire, contrairement au régime prévu par le code de la Sécurité sociale pour les salariés du secteur privé. Le texte tend donc à aligner les règles applicables aux fonctionnaires civils et militaires, en cas de non transmission des arrêts maladie dans un délai de 48 heures, sur les dispositions applicables aux salariés de droit privé.

Ce dispositif entrera en vigueur au plus tard le 1er juillet 2014.

En outre, l'article 126 renforce la possibilité de contrôler le bien-fondé des arrêts maladie des fonctionnaires. Il prévoit de préparer la généralisation du contrôle du bien-fondé des arrêts maladie des fonctionnaires par les CPAM, afin de remédier aux insuffisances du mécanisme de contrôle existant, fondé sur le recours aux médecins agréés. L'actuelle expérimentation transférant le contrôle des arrêts maladie de certains fonctionnaires aux services de l'assurance maladie sera prolongée jusqu'au 31 décembre 2015.